महामृत्युंजय मंत्र 32 शब्दों से मिलकर बना है और इस मंत्र के पहले ‘ॐ’ लगाने से कुल शब्दों की संख्या 33 हो जाती है। इसीलिए महामृत्युंजय मंत्र को ‘त्रयस्त्रिशशारी’ मंत्र भी कहा जाता है।
संख्याएँ ‘1’, ‘0’, और ‘8’ क्रमशः ‘एकता’, ‘शून्यता’ और ‘सभी’ को दर्शाती हैं । वे एक ही समय में एक, शून्य और अनंत के रूप में ब्रह्मांड के वास्तविक सत्य का प्रतिनिधित्व करते हैं।
सूर्य और पृथ्वी के बीच की दूरी सूर्य के व्यास का 108 गुना है, और पृथ्वी और चंद्रमा के बीच का स्थान चंद्रमा के व्यास का 108 गुना है। हिंदू धर्म में 108 उपनिषद या ग्रंथ भी हैं ।
इस मंत्र को रुद्र मंत्र भी कहा जाता है , जो शिव के क्रोधपूर्ण पहलू को दर्शाता है ; त्रयम्बक मंत्र, जो शिव की तीन आँखों को संदर्भित करता है; और मृत-संजीवनी मंत्र, जो तपस्या की अवधि के बाद आदिम ऋषि सुक्राचार्य को दी गई ” जीवन-पुनर्स्थापना ” अभ्यास का एक हिस्सा है। इसके देवता (संरक्षक देवता) रुद्र हैं, शिव अपने सबसे क्रूर और विनाशकारी रूप में हैं। यह वेदों में तीन बार प्रकट होता है: ऋग्वेद (VII.59.12), यजुर्वेद (III.60), और अथर्ववेद (III.60) (XIV.1.17) में।
ऋषि मृकंदु और मरुदमती दोनों भगवान शिव के भक्त थे। उन्होंने भगवान शिव की लंबी तपस्या की और वर्षों तक पुत्र की कामना की थी। भगवान शिव ने उनकी भक्ति से प्रसन्न होकर उनकी इच्छा पूर्ण की। लेकिन भगवान शिव ने उनके सामने एक शर्त रखी। शर्त के रूप में भगवान शिव ने उनके सामने दो विकल्प रखे। पहला विकल्प, उन्हें एक ऐसा बेटा होगा, जिसकी अल्पायु होगी मगर वह बुद्धिमान होगा। दूसरा विकल्प, उन्हें एक ऐसा बेटा होगा, जिसकी जिंदगी तो लंबी होगी पर वह कम बुद्धिमान होगा। ऋषि मृकंदु और मरुदमती ने पहले विकल्प को चुना। उनकी बेटे प्राप्ति की इच्छा पूर्ण हुई। हालांकि उन्हें यह सूचित कर दिया कि उनका पुत्र केवल सोलह वर्ष ही जीवित रहेगा। इस दंपति ने अपने पुत्र का नाम मार्कंडेय रखा, जो वह सब कुछ था, जिसकी ऋषि मृकंदु और मरुदमती ने इच्छा की थी। अपने पुत्र को सुखी जीवन देने के लिए ऋषि मृकंदु और मरुदमती ने उसके जीवनकाल के बारे में तथ्य को गुप्त रखने का फैसला किया। जब मार्कंडेय का 16वां जन्मदिन आया, तब उनके माता-पिता बेहद विचलित हो गए। वे दोनों बहुत दुखी हो गए। इतने दुखी के मार्कंडेय उनके दुख को समझ नहीं पाया। उसने अपने माता-पिता से उनके दुख का कारण पूछा तो ऋषि मृकंदु और मरुदमती ने उसे उसके भाग्य की पूरी कहानी बताई और यह भी कि उसका जन्म कैसे हुआ।
अपने जीवनकाल की पूरी कहानी सुनने के बाद मार्कंडेय ने भगवान शिव की तपस्या शुरू कर दी। जब यम उनकी आत्मा को लेने आए, तब उन्होंने शिवलिंग को गले से लगा लिया। मार्कंडेय की भक्ति और उनके प्रति प्रेम को देखकर भगवान शिव प्रकट हुए और यम को मार्कंडेय को छोड़ने का आदेश दिया। फिर उन्होंने मार्कंडेय को विशेष “महा मृत्युंजय मंत्र” दिया जो उन्हें लंबा जीवन जीने में मदद करेगा। मृत्यंजय मंत्र (Mahamrityunjaya mantra) से संबंधित कई अन्य कहानियां भी हैं। एक कहानी के अनुसार चंद्र देव ने राजा दक्ष की 27 बेटियों से विवाह किया था। लेकिन चंद्र देव उनकी बेटी रोहिणी का ही ज्यादा ध्यान रखते थे। इस कारण बाकी बेटियों को रोहिणी से ईर्ष्या होने लगी। वे अपनी इस शिकायत को अपने पिता के समक्ष ले गए। चिंतित पिता ने चंद्र देव को समझाया कि वे सबको बराबर स्नेह-प्यार दे। लेकिन चंद्र देव नहीं समझे। क्रोधित होकर उनके स्वसुर ने चंद्र देव को श्राप दिया कि उन्हें जिस रंग-रूप और तेज पर इतना अभिमान है, वह एक दिन खत्म हो जाएगा। इस श्राप से मुक्त होने के लिए चंद्र देव ने भगवान शिव की उपासना की। भगवान शिव उनकी उपासना से प्रसन्न हुए। उन्होंने चंद्रमा को दर्शन भी दिए। लेकिन उन्होंने चंद्रमा से कहा कि वह राजा दक्ष के द्वारा दिए गए श्राप को वह पूरी तरह विफल नहीं कर सकते। हालांकि इसके प्रभाव को कम अवश्य किया जा सकता है। तभी से चंद्र देव की चमक 15 में बढ़ती और घटती है।